Ulu Öndərin ikinci dəfə Azərbaycana rəhbərlik etməsi müstəqillik dövrünə təsadüf edib. Ulu öndər 1993-cü ilin iyunun 15-də Ali Sovetin sədri seçilib. 1990-cı il iyulun 20-də Bakıya qayıdan Heydər Əliyev iki gün sonra Naxçıvana yola düşüb, həmin ildə də Azərbaycan SSR xalq deputatı və Naxçıvan MSSR xalq deputatı seçilib.
1991-ci il sentyabrın 3-də Heydər Əliyev Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Sovetinin sədri seçilib və müvafiq qanunvericiliyə əsasən həm də Azərbaycan Respublikası Ali Soveti sədrinin müavini olub. Bu vəzifədə o, 1993-cü ilə kimi çalışıb. Heydər Əliyev 1992-ci il noyabrın 21-də Yeni Azərbaycan Partiyasının Naxçıvan şəhərində keçirilmiş təsis konfransında partiyanın sədri seçilib. 1993-cü ilin may-iyun aylarında ölkədə vətəndaş müharibəsi və müstəqilliyin itirilməsi təhlükəsi yarandığına görə, Azərbaycan xalqı Heydər Əliyevin hakimiyyətə gətirilməsi tələbini irəli sürüb və ölkənin o dövrkü rəhbərliyi onu Bakıya dəvət etməyə məcbur olub. Heydər Əliyev 1993-cü il iyunun 15-də Azərbaycan Respublikası Ali Sovetinin sədri seçilib, iyunun 24-dən isə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin səlahiyyətlərini həyata keçirməyə başlayıb. 1993-cü il oktyabrın 3-də ümumxalq səsverməsi nəticəsində Heydər Əliyev Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilib. O, 1998-ci il oktyabrın 11-də xalqın yüksək fəallığı şəraitində keçirilən seçkilərdə səslərin 76,1 faizini toplayaraq yenidən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilib.
Ümummilli liderlə bağlı fikirlərini Sherg.az-la bölüşən, H.Əliyevin yaxın silahdaşlarından olmuş millət vəkili Eldar İbrahimov deyir ki, Ulu Öndərin Azərbaycan xalqı və dövləti qarşısında xidmətləri misilsizdir. Onun sözlərinə görə, müasir, müstəqil Azərbaycan Heydər Əliyevin şah əsəridir:
"Ulu Öndər Heydər Əliyev fəaliyyətinin hər bir məqamı ilə xalqın, dövlətin, cəmiyyətin və onun üzvlərinin mənafeyinə xidmət edib, Azərbaycan dövlətinin və xalqının xoşbəxt gələcəyi uğrunda fədakarlıqla çalışıb. Başqa sözlə, Ulu öndərimiz müstəqilliyimizin möhkəmləndirilməsi, dövlətçiliyimizin inkişafı, xalqın rifah halının daha da yaxşılaşdırılması üçün tarixi işlər görüb”.
E.İbrahimov bildirib ki, 14 iyul 1969-cu il tarixində Heydər Əliyevin Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin birinci katibi seçilərək respublikanın rəhbəri olması respublikamızın tarixində dönüş nöqtəsi idi:
“Yəni həmin tarixdən başlayan böyük inkişaf yolu Azərbaycanın gələcək tərəqqisinin əsası oldu. 1993-cü ildə isə xalqın təkidli tələbi ilə hakimiyyətə qayıdan Ulu öndər Heydər Əliyevin rəhbərliyi ilə həyata keçirilən siyasət nəticəsində ölkəmizdə sabitlik təmin edildi, inkişaf və yüksəlişin əsası qoyuldu. Respublikamızın beynəlxalq mövqeyi möhkəmləndi", - deyən E.İbrahimov əlavə edib ki, Ulu Öndər Heydər Əliyevin Azərbaycan tarixində yeri və rolu uzun müddət müzakirə ediləcək. Çünki Heydər Əliyevin xalqımız qarşısında xidmətləri o qədər böyük və zəngindir ki, bu, zaman-zaman tədqiqatlar mövzusu olacaq. "Ümummilli Liderimizin fəaliyyəti Azərbaycanın dünəni, bu günü və gələcəyinə hesablanmış fəaliyyətdir. Ulu öndərimiz keçmişə istinad edərək bu günümüzü necə qurmağı və gələcəyimiz üçün hansı işlər görülməsinin nümunəsini bizə göstərdi. Hesab edirəm ki, bu, hər bir millətin inkişafında əsas şərtlərdən biridir".
E.İbrahimov vurğulayıb ki, Ümummilli liderin düzgün seçimin yolunu göstərdi ki, ölkəmizin və xalqımızın inkişafı, tərəqqisi üçün hansı mərhələlərdən keçməyimiz vacibdir. Onun sözlərinə görə, Ulu Öndərimiz xalqımızın çətin anlarında xilaskarlıq missiyasını yerinə yetirərək Azərbaycanı inkişaf yoluna çıxarıb:
"Ötən illər ərzində Azərbaycan Ümummilli Lider Heydər Əliyevin müəyyənləşdirdiyi inkişaf strategiyası nəticəsində böyük inkişaf yolu keçib. Azərbaycanda Heydər Əliyev siyasətinin alternativi yoxdur. Bu gün hörmətli Prezidentimiz İlham Əliyevin bu siyasəti uğurla həyata keçirməsi nəticəsində Azərbaycan dünyanın dinamik inkişaf edən, müasirləşən, modernləşən dövlətinə çevrilib. Ötən dövr ərzində möhtəşəm iqtisadi uğurlara imza atılıb. Bunu tək Azərbaycan vətəndaşları yox, bu faktı bütün dünya təsdiq edir. Azərbaycana səfər edən hər bir şəxs ölkəmizdə gedən inkişafa heyran qalır. Hətta bir sıra beynəlxalq ekspertlər ölkəmizdə təkcə yoxsulluğun səviyyəsinin son illərdə azalması faktoruna söykənərək Azərbaycanı inkişaf etməkdə olan yox, inkişaf etmiş ölkələrin sırasına daxil edirlər. Ölkəmizdə gedən inkişaf həm geniş spektrlidir, həm də bütün regionları əhatə edir. Bu da çox önəmli bir amildir. Yəni, inkişaf tək paytaxtla məhdudlaşmır. Regionların sosial-iqtisadi inkişafı ilə bağlı qəbul edilən proqramlar olduqca böyük əhəmiyyətə malikdir. Əlbəttə ki, bütün bu nailiyyətlərin əsasında Ulu Öndər Heydər Əliyev tərəfindən müəyyənləşdirilən siyasi kurs və Prezident İlham Əliyevin bu siyasi kursu uğurla davam etdirməsi faktı dayanır. Bu günün fövqündən baxanda Azərbaycanın gələcəyi işıqlı və firavan görünür. Çünki müstəqil Azərbaycanın idarəçilik sükanı Ulu Öndər Heydər Əliyevin siyasi varisi cənab İlham Əliyevin əlindədir. Prezident İlham Əliyevin rəhbərliyi ilə Azərbaycan Respublikası misli görünməmiş sosial-iqtisadi inkişafa nail olub, regionda lider ölkə statusunu qazanıb. Azərbaycan hazırda Avropanın enerji təhlükəsizliyinin təmin edilməsində özünəməxsus xüsusi yeri olan önəmli bir dövlətdir. Ölkəmizdə çox uğurla həyata keçirilən iqtisadi siyasətin nəticəsidir ki, dünyada tüğyan edən qlobal böhran Azərbaycana təsir göstərə bilmir və başqa ölkələrdən fərqli olaraq respublikamızda dinamik artım davam edir, böyük maliyyə tutumlu layihələr həyata keçirilir, investisiya qoyuluşu genişlənir, əhalinin sosial rifah halı yaxşılaşır. Eyni zamanda, Azərbaycanın beynəlxalq müstəvidə də nüfuzu artır, mövqeləri güclənir".
