Seyid Cəfər Pişəvəri 1892-ci ildə Cənubi Azərbaycanda anadan olub. Atası onu kənddə molla Miribrahimin Quranı və Şəriəti tədris edən mədrəsəsinə verir. İti hafizəyə malik olduğundan Mircəfər qısa müddətdə quranı bitirir və məktəbdə müəllimlərin diqqətini çəkir. İbtidai sinfi əla və yaxşı qiymətlərlə bitirdikdən sonra Bakıda "İttihad" məktəbinə, sonra isə "Darul-müəllimin" mədrəsəsinə daxil olur və müəllim təyin olunur. Bakı bələdiyyəsinə məxsus məktəbdə də dərs deyir. Bakıdakı ədəbi-siyasi mühitin təsiri ilə kommunistliyə meyilləşir. Nəriman Nərimanov, Süleyman Mirzə İskəndəri və başqalarının təsiri ilə bu ideologiyanı mənimsəyir.
Pişəvəri İran Kommunist Partiyasının tanınmış üzvlərindən biri olub. O, İranın müxtəlif etnik qruplarının hüquqlarını müdafiə edirdi və milli azlıqların, xüsusən də Azərbaycanlıların, muxtariyyətini təşviq edirdi. Pişəvəri, həmçinin müxtəlif solçu qruplarla və təşkilatlarla sıx əməkdaşlıq edirdi.
1945-ci ilin noyabrında Pişəvəri İran Azərbaycanında Sovet İttifaqının dəstəyi ilə Azərbaycan Milli Hökumətini yaratdı. Bu hökumət, Təbriz şəhərində mərkəzləşmiş və Seyid Cəfər Pişəvəri başda olmaqla müxtəlif sosial, iqtisadi və siyasi islahatlar həyata keçirməyi planlaşdırdı. Pişəvəri hökuməti, torpaq islahatları, təhsil və səhiyyə sahələrində islahatlar aparmağa çalışırdı və Azərbaycan dilinin rəsmi dil kimi istifadə edilməsini təşviq edirdi. Lakin 1946-cı ilin dekabrında Sovet qoşunları İran Azərbaycanından çıxarıldı və İran hökuməti Azərbaycan Milli Hökumətinə qarşı hücuma başladı. İran qoşunları Təbrizi tutdu və Azərbaycan Milli Hökumətini devirdi. Pişəvəri və onun tərəfdarları məcburən Sovet İttifaqına qaçdılar.
Pişəvəri Sovet İttifaqında mühacirət həyatı yaşayaraq burada siyasi fəaliyyətini davam etdirdi. O, Azərbaycan SSR-də fəaliyyət göstərən müxtəlif siyasi və akademik dairələrlə əməkdaşlıq edirdi. 1947-ci ildə Bakıda müəmmalı bir avtomobil qəzasında həyatını itirdi. Maşının sürücüsünün heç bir xətər dəymədiyi halda onun yanında əyləşən Pişəvərinin qabırğası əzilir, ayağı sınır, başı ağır yaralanır. Pişəvəri ölümcül halda Yevlax rayon xəstəxanasına gətiriləndə huşu özündə idi. Həkimlərdən xahiş etdi ki, Bakıdan doğma qardaşını gətirsinlər, o, həkim-cərrahdır. Əvəzində Xankəndidən cərrah Əsriyan gəldi. Pişəvəri Gəncədəki iyirmi yaşlı oğlunu yanında görmək istədi. Xəbər çatdırmadılar. İyulun 12-də Bakıdan həkimləri gətirən təyyarə Yevlaxa endi. Artıq gec idi. Pişəvəri cərrahiyyə əməliyyatından ayağa qalxmadı. Pişəvərinin ölümündən sonra xalq arasında Erməni həkimi Ərsinyanın vurduğu zəhərli iynənin onun həyatına son qoyduğu yayılır.
